Залогом успешной реализации систем является проектирование. Проектные подразделения АО «АТГС», расположенные в г. Нижний Новгород и г. Тверь, выпускают проектно-сметную документацию по внедрению систем телемеханизации магистральных газопроводов, нефтепродуктопроводов и муниципальных сетей, автоматизированных систем управления технологическими процессами от «полевого» до верхнего уровня, диспетчерского управления, комплексной автоматизации распределенных объектов. АТГС выполняет проектную и рабочую документацию по всем разделам проекта, определенным в задании на проектирование и технических требованиях к проекту, как в качестве субподрядчика проектных институтов (ПАО «Гипрогазцентр», ПАО «ВНИПИгаздобыча, ОАО «Институт ЮжНИИгипрогаз», ПАО «Гипроспецгаз», ООО «Газпром ВНИИГАЗ» и др.), так и в качестве генерального проектировщика.
Инженеры-проектировщики обеспечивают полный цикл сопровождения проекта: от сбора исходных данных и технического обследования объекта проектирования до получения положительного заключения государственной экспертизы проектной документации и экспертизы промышленной безопасности и осуществления авторского надзора за реализацией проектов.
Многоуровневые АСУТП и системы линейной телемеханики собственной разработки АО «АТГС» запроектированы и внедрены в дочерних газотранспортных и газодобывающих предприятиях ПАО «Газпром» как при строительстве и реконструкции магистральных газопроводов, так и при освоении газоконденсатных месторождений (ООО «Газпром трансгаз Чайковский», ООО «Газпром трансгаз Томск», ООО «Газпром трансгаз Волгоград», ООО «Газпром трансгаз Казань», ООО «Газпром трансгаз Санкт-Петербург», ООО «Газпром трансгаз Москва», ООО «Газпром трансгаз Кубань», ООО «Газпром трансгаз Нижний Новгород» и др., ООО «Газпром добыча Уренгой», ООО «Газпром добыча Ямбург», ООО «Газпром добыча Оренбург», ООО «Газпром ПХГ»), независимых производителей (ООО «Севернефтегазпром», ООО «Сибнефтегаз»), а также ПАО «Газпромнефть», АК «Транснефть», ЗАО «Геотранс» и др.
В рамках проектов по АСУТП газопровода Сахалин – Хабаровск – Владивосток и ЦПДУ Интергаз – Средняя Азия разработаны макеты программной системы, позволяющие уже на стадии проектирования отработать алгоритмы и программные стыки. Проектируются АСУТП подземных хранилищ газа, газотранспортных предприятий Томска, Волгограда, Ставрополя, Нижнего Новгорода и Москвы.
Помимо телемеханизации предприятий, связанных с добычей, хранением и транспортировкой газа, проектные подразделения АО «АТГС» разрабатывают документацию по внедрению автоматизированных систем управления электроснабжением (АСДУЭл), технического учета электроэнергии (АСТУЭ), управления приемом нефти и отгрузкой товарной продукции нефтеперерабатывающих заводов, АСУ общественных зданий и сооружений.
АО «АТГС» является лауреатом Всероссийских конкурсов на лучшую проектную и изыскательскую организацию за достижение высокой эффективности результатов деятельности организации в современных экономических условиях за 2010, 2011 и 2014 годы, по результатам конкурсов 5 сотрудников АО «АТГС» были награждены почетными грамотами Минрегиона РФ.
В 2014 году АО «АТГС» заняло 1-е место в профессиональном конкурсе НОП (Национальное объединение проектировщиков) за организацию проектирования объекта «Системы линейной телемеханики газопроводов Бованенково — Ухта», Системы телемеханики, АСУТП.