В 1999 в консорциуме с «Siemens» «АтлантикТрансгазСистема» выиграло объявленный «Газпромом» международный тендер на создание ИУС Карашурской станции подземного хранения газа.
«Подземное хранилище газа – это сложнейший технологический комплекс, включающий КС, скважины, УКПГ и целый ряд других объектов. К работе кроме основного субподрядчика – ООО «Сименс — Россия», было привлечено более 10 российских организаций. Стройка века — как порой называли проект по созданию Карашурской «подземки», — началась уже в новом тысячелетии. АТГС стало генеральным подрядчиком системы.
Важнейшим аспектом деятельности того времени являлось (и продолжает оставаться до сих пор) обеспечение гарантийного и сервисного обслуживания введённых в эксплуатацию систем.
В 2000 году начались работы по АСУТП Волховского ЛПУ ООО «Лентрансгаз» (ныне ООО «Газпром трансгаз Санкт-Петербург»: осуществлялась стыковка имеющихся систем разных производителей, производился монтаж телемеханики на газопроводе Ямал-Европа, а также был осуществлён ввод в эксплуатацию первых АСУТП газораспределительных станций.
АТГС не ограничивались сотрудничеством только с газовиками и нефтяниками. В начале нового тысячелетия в нескольких городах Российской Федерации был внедрен программный комплекс ГРАСТ, рассчитывающий и производящий анализ тепло-гидравлического расчета сетей теплоснабжения.
